巴赫的叔父JOHANN CHRISTOPH BACH是一位卓越的管风琴家、作曲家，曾经创作了许多声乐曲、众赞歌前奏曲、前奏曲与赋格以及变奏曲等。巴赫1685年3月21日出生后，当年3月23日在德国中部的爱森纳赫的当地教会由双亲抱着接受洗礼，洗礼时担任管风琴演奏的就是他的叔父JOHANN CHRISTOPH BACH。可以说巴赫是在庄严的管风琴和众赞歌的音乐声中，踏上了音乐家的人生旅程。
在十六世纪中至十九世纪，巴赫家族前后六代人中共出了五十几名优秀的音乐家。虽然他们从事不同的职业，但他们主要依靠担任宫廷乐师、教会主唱或管风琴师以及城市乐师来维持生计。这些人构成了德国中部管风琴乐派的核心。这一切为约翰-塞巴斯汀-巴赫成为杰出的管风琴家营造了了良好的音乐环境。
十岁时，父亲过世后，巴赫去了奥德鲁夫，投靠兄长约翰-克里斯托弗。他是德国南部管风琴乐派重要人物约翰-帕赫贝尔的教子。因此约翰-克里斯托弗不仅保存了他所篆抄的德国南部管风琴派的许多作品，还藏有北部管风琴乐派大师们的作品抄本，但不容许他人翻阅，巴赫也是如此。巴赫只能等到家人熟睡后在月光下抄谱。五年间，巴赫学习了管风琴的构造和演奏方法，掌握了帕赫贝尔风格的赋格写法及其众赞歌前奏曲的手法。
十五岁，他来到北部城市吕纳堡，成为教会学校的学生兼唱诗班歌童，结识了管风琴家伯姆。伯姆的管风琴音乐样式对巴赫产生了很大的影响。18岁时巴赫成为管风琴师。1708年起成为魏玛宫廷管风琴师。二十岁时遇见了布克斯特胡德，巴赫用四周的假期步行二百公里去听布克斯特胡德的演奏，收益匪浅，并影响了他早期管风琴音乐的创作。包括：《d小调托卡塔和赋格》（BWV565）；《D大调幻想曲》（BMV571）；《E大调托卡塔和赋格》（BMV566），这些作品是表现巴赫早期管风琴的代表，炫技、技巧稳健、充满生气。
魏玛初期，巴赫开始对意大利作曲家的音乐发生了兴趣。他把维瓦尔迪等人的协奏曲改编成为用于管风琴或羽管琴的独奏曲，学到了拉丁式的均衡和对比，发现了协奏曲的原理和小提琴式的音型在键盘音乐上运用的可能性。这一时期推荐大家听一下《托卡塔、柔版和赋格》（BMV546），是奔放的托卡塔与意大利协奏曲形式的融合，与稳定形式相伴随的是辉煌的音响和深刻的情绪。魏玛后期有：BMV582、BMV599-644（管风琴小曲集），有优秀的技巧和丰富多样的创意性，被视为管风琴众赞歌的经典。
以后在克腾时期和莱比锡时期任宫廷乐长和教会主唱，这时候的作品编号分别是BMV542、BMV540、BMV552、BMV669—689（管风琴弥撒）。
在巴赫人生的最后二十五年中，创作的管风琴曲并不多，但都是上乘之作。晚年的巴赫受管风琴键盘和构造的启发，逐渐进入了一个有关宇宙秩序和对位法的深奥领域中。在《卡农变奏曲》（BMV769）后写的《音乐的奉献》（BMV1079）和《赋格的艺术》（BMV1080）等一系列作品中，显示了他的创作逐步向表现宇宙秩序和神秘回归而转移的过程。
《六首众赞歌改编曲》（BMV645—650）和《十八首众赞歌改编曲集》（BMV651--668）是巴赫创作的最后的管风琴曲，是他对以前的作品精雕细琢的结果。
现存的巴赫的管风琴曲中大半主要是前奏曲和赋格曲。
最后还要补充一点，巴赫曾经演奏过的管风琴原先存放在德累斯顿，是巴赫的那个时期里面世界上唯一保存完整并能演奏的管风琴，与现在的管风琴不一样，而且制作方法也已失传。这样的绝品，在二战德累斯顿大轰炸中毁于一旦。我们现在再也无法聆听到当时的管风琴演奏出来的声音，实在是可惜。
